Le cause più frequenti della frammentazione del DNA possono essere attribuite a varie condizioni mediche come: le infezioni, il fumo, il calore, lo stress, i farmaci prescritti, il consumo di stupefacenti, i pesticidi, tra le altre cause elencate. A volte, la riduzione o la rimozione del fattore che contribuisce può ridurre i livelli elevati della frammentazione del DNA.